Theo kết luận thanh tra, từ cuối năm 2003 đến cuối năm 2005, cả nước chỉ ghi nhận 91 trường hợp mắc cúm H5N1 tại 32 tỉnh, thành. Tuy nhiên, trong tờ trình ngày 22/11/2005, Bộ Y tế lại đề xuất phải dự trữ đủ 30 triệu viên thuốc (3 triệu liều dành cho 3 triệu người) trước ngày 30/6/2006. Việc đề xuất như trên là thiếu căn cứ thực tế về tình hình diễn biến của dịch cúm gia cầm tại Việt Nam cũng như nhiều nước trên thế giới.

Chính vì việc đặt mua số lượng lớn và trong thời gian ngắn, nên Bộ Y tế không thể mua được nguyên liệu của Công ty Roche - cung cấp sau thời điểm tháng 8/2006 (có hạn dùng dài hơn, giá rẻ hơn) mà phải mua nguyên liệu của Ấn Độ (hạn dùng ngắn và giá đắt hơn).

Bên cạnh đó, Bộ Y tế không chủ động phối hợp với Bộ Tài chính để xây dựng khung giá mua thuốc, đơn đặt hàng không ghi đơn giá và giao cho các công ty tự tìm nguồn mua nguyên liệu, dẫn đến việc thẩm định giá thuốc bị động và phải phụ thuộc vào giá do các công ty đề xuất.

Thực tế, giá mua nguyên liệu của 4 công ty được giao dự trữ thuốc cao hơn nhiều so với giá Bộ Y tế đã báo cáo.

Như vậy, Bộ Y tế đã thiếu trách nhiệm trong việc hỗ trợ các công ty tìm nguồn nguyên liệu để sản xuất thuốc và việc quản lý giá thuốc, thiếu trách nhiệm trong việc kiểm tra, làm rõ trong việc thu chi tài chính liên quan đến 4 công ty này.

Trước những sai phạm trên, Thanh tra chính phủ kiến nghị Bộ Y tế kiểm điểm trách nhiêm, xử lý đối với những tập thể, cá nhân có sai phạm liên quan, đề xuất xử lý hết số thuốc đã hết hạn dùng (hơn 10.000 viên). Đồng thời chuyển cơ quan điều tra tiếp tục làm rõ giá mua nguyên liệu.

Hải Phong